إن البحث العلمي وجه يسلكه العلماء بتتبع منهجي دقيق للوصول إلى المعرفة العلمية وقد شهد تاريخ الفكر البشري أن حضاره المسلمين لها الاسبقية في استخدام المناهج المتطوره التجريبيه ونقد المناهج الغربيه التي تقوم على القياس وقد انتقد شيخ الاسلام ابن تيمية منطق أرسطو في كتابة نقد المنطق ودعا إلى الاستقراء الحسي الذي يناسب البحث في الظواهر الكونية ويتوصل به الى المعارف والحقائق، وسار على نهجه علماء الحضارة الاسلامية بعد درايتهم بأصوله وقواعده وأحرزوا بها تقدماً ملموسا في التطوير العلمي منهم علماء الحضارة الاسلامية في جميع العصور خاصة الوسطى الحسن بن الهيثم وجابر بن حيان وابن النفيس وابن سينا والخوارزمي وابن رشد والامام الغزالي وابن خلدون وغيرهم
وهو ما يشكل حقبه لامعه في تاريخ العلم والحضارة بسبب ماقدمة العلماء المسلمين من تأسيس لمنهج علمي سليم.
ان علماء المسلمين سلكوا في البحث العلمي الذي اعتمدوا فيه على التفكير والتجريب المسلك الذي اتبعه علماء الأصول وعلماء الحديث في الوصول إلى الوقائع والمعلومات والمعرفه الصحيحه
فقد استعمل الحسن بن الهيثم لفظ الاعتبار ليدل على الاستقراء التجريبي او الاستنباط العقلي وهو لفظ قرآني.
وقد استعمل ابو بكر الرازي في التعامل مع المجهول الاصول الثلاثة: الاستقراء، والقياس، والإجماع في تعامله مع المجهول.
وقد استمد علماء الحضارة الاسلامية من تعاليم الدين الاسلامي المباديء التي استندوا عليها في ممارستهم للمنهج وهي :( عقيده التوحيد الاسلامي التي كانت نقطة انطلاقهم في رؤية الانسان وكل ماهو موجود- والايمان بوحدانية الله ورد كل ماهو موجود إلى خالق الكون سبحانه- ومنهج التفكير والبحث في الاسلام القائم على التوفيق بين العقل والواقع)
فعلماء المسلمين نهجوا في البحث والتفكير ما أصله تعاليم الدين الحنيف وصنعوا لأنفسهم منهج علمي اسلامي تجاوزوا به افق علم الفلسفة وتمكنوا به من الوصول الى المعرفه والحقائق واستخلاص النتائج التي لم يصل اليها غيرهم مدركين أن المنهج الاسلامي له خصائصه وشروطه ونظرياته التي ينطلق منها وايمانيات يجب استحضارها والالمام بها.